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随着基于PCR技术的各种分子标记技术的发展，已有相当多的目标性状在DNA水平上得到识别，利用分子标记辅助育种将大大提高育种效率。
Oh等利用RFLP和RAPD绘制了亚麻的遗传连锁图谱，Spielmeyer等利用亚麻（Linum.usitissimum）双单倍体（DH）群体构建了AFLP遗传连锁图谱，利用该图识别了两个抗亚麻枯萎病（Fusariumoxysporum）的主效QTLs。Chen等将分子标记用于亚麻单倍体育种，利用一个ISSR引物（UBC 889）和2个RAPD引物（UBC 556 and 561），对16株花药培养再生植株进行了鉴定，证明其中12株来源于小孢子。Ellis等进行了亚麻的转座子试验，并证明可以通过转座子标记进行基因的分离。
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我国亚麻分子标记辅助育种应该侧重于与亚麻抗倒伏、抗旱、耐渍、高纤、优质等经济性状紧密相关的基因的标记，为基因的克隆及转基因研究奠定基础，以便准确快速培育出理想的亚麻品种；更应注重亚麻遗传资源特别是野生资源及其近缘种的收集、保存和利用，通过利用其基因源的多样性来不断丰富现有栽培种亚麻的遗传基础，以达到产量、品质、抗性的提高和改善。
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